Conselho de Coordenação
O Conselho de Coordenação, que se reúne mensalmente, é responsável, junto com a Direção, pela execução e acompanhamento das atividades do CPDOC. É constituído pelo diretor, pelo vice-diretor e pelos coordenadores.
Congregação
A Congregação, que se reúne duas vezes ao ano, é o órgão normativo, consultivo e deliberativo superior da Escola em matéria didático–pedagógica. Integram a Congregação o diretor, o vice-diretor, os coordenadores e subcoordenadores de ensino de graduação e de pós-graduação, os professores em regime de tempo integral, em efetivo exercício na Escola, um representante dos professores extra–carreira, dois representantes do corpo discente e um representante da mantenedora.
Conselho Consultivo
O Conselho Consultivo, que se reúne regularmente uma vez por ano, é um órgão de assessoramento à Direção do CPDOC na formulação de diretrizes, na análise e avaliação dos resultados obtidos, bem como no desenvolvimento das relações externas da Escola. É constituído pelo Diretor da Escola, por cinco representantes de entidades públicas ou privadas, indicados pela Congregação; por um representante da Congregação da Escola; por um representante da mantenedora; e por um ex–aluno do CPDOC.
Conselho de Doadores
A doação de arquivos ao CPDOC faz-se por meio de um instrumento legal, firmado pelo doador, seja ele o próprio titular ou um familiar, e a FGV. Os doadores integram um Conselho, que se reúne regularmente uma vez ao ano para acompanhar o andamento dos trabalhos do CPDOC e discutir maneiras de prestar colaboração ao Centro.
Gerência Administrativa
A Gerência Administrativa tem como principais funções a elaboração e execução do orçamento, a análise e o planejamento financeiro do CPDOC com ênfase no controle de custos e na administração eficiente dos recursos. Como órgão de apoio administrativo, centraliza, ainda, os serviços de arquivamento de documentos, reprografia, distribuição de materiais e correspondências, providencia pagamentos e negocia contratos com clientes, patrocinadores e fornecedores.
Coordenação do CPDOC em São Paulo
A Escola de Ciências Sociais da Fundação Getulio Vargas (FGV/CPDOC) está presente na capital paulista. Através da Coordenação do CPDOC em São Paulo, criada em abril de 2009, a Escola promove o debate público, a produção e a difusão de conhecimento e o ensino na graduação e pós-graduação na área de Ciências Sociais, História e Relações Internacionais. O CPDOC em São Paulo também abriga o Grupo de Estudos de Política Internacional, que organiza regularmente conversas abertas ao público sobre pesquisas e estudos relacionados ao tema.
Coordenação da Escola de Relações Internacionais
A Coordenação da Escola de Relações Internacionais da Fundação Getulio Vargas, sediado na FGV/CPDOC, tem por finalidade desenvolver estudos e pesquisas nessa área, em conexão com outras escolas e unidades da FGV.
Escola de Relações Internacionais 
Coordenação de Ensino de Graduação em Ciências Sociais
O CPDOC criou em 2005 sua graduação, com um projeto pedagógico inovador que obteve aprovação plena do MEC em 100% dos quesitos avaliados. O primeiro vestibular para o Curso de Graduação em Ciências Sociais foi realizado em novembro de 2005, e as aulas começaram em fevereiro de 2006. Em 2010 iniciou-se também o curso de Licenciatura em História.
O objetivo dos cursos é dar aos alunos uma sólida formação teórico-metodológica, e ao mesmo tempo fornecer-lhes instrumentos para que possam atuar na vida prática, nas mais diversas instituições políticas, culturais e sociais do país. A formação pluralista permitirá ao jovem decidir entre a carreira acadêmica e um trabalho de intervenção social mais direta, seja em projetos ligados a bens culturais e à memória, seja em consultorias e assessorias políticas, seja em pesquisas de opinião ou tratamento de acervos documentais.
Coordenação de Ensino de Pós-Graduação
A Coordenação de Ensino de Pós-Graduação do CPDOC foi criada em 2003. Seu objetivo é ministrar cursos de pós-graduação lato sensu e stricto sensu. Dele faz parte o Programa de Pós-Graduação em História, Política e Bens Culturais (PPHPBC), recomendado pela CAPES, que iniciou suas atividades com um Mestrado Profissionalizante em Bens Culturais e Projetos Sociais. Atualmente também oferece os cursos de Mestrado Acadêmico e Doutorado em História, Política e Bens Culturais.
Mestrado e Doutorado Acadêmicos em História, Política e Bens Culturais
Mestrado e Doutorado Profissionais em Bens Culturais e Projetos Sociais
Coordenação de Pesquisa
A Coordenação de Pesquisa tem por finalidade propor, realizar e avaliar projetos de pesquisa sobre temas relacionados à História Contemporânea do Brasil e às Ciências Sociais em geral.
Laboratórios de pesquisa
Núcleo de Pesquisa Social Aplicada
Coordenação de Documentação
A Coordenação de Documentação congrega as atividades e serviços que dizem respeito ao acervo histórico depositado no CPDOC. É constituído pelo Programa de Arquivos Pessoais, responsável pelo tratamento e divulgação dos arquivos doados ao Centro, pelo Programa d e História Oral, responsável pelo controle e a divulgação das entrevistas realizadas pelos pesquisadores da equipe, e o núcleo dos Dicionários Histórico-Biográficos. É no âmbito da Coordenação de Documentação que são discutidas questões relativas à preservação e ao acesso a essas diferentes fontes de pesquisa, bem como são desenvolvidos projetos que envolvem o tratamento e a referenciação de acervos arquivísticos e a constituição de bancos de entrevistas.
Programa de Arquivos Pessoais
Programa de História Oral
Dicionários histórico-biográficos
Núcleo de Audiovisual e Documentário
Criado em 2006 pela Direção do CPDOC, o Núcleo pretende, desde sua origem, ser um laboratório que proporcione aos alunos a familiarização e a experimentação com recursos audiovisuais, bem como dar apoio a projetos de pesquisa do CPDOC que envolvam o recurso à produção audiovisual e de documentários.
Núcleo de Audiovisual e Documentário