Prudente de Morais Neto nasceu em Piracicaba (SP) no dia 19 de junho de 1895, filho de Gustavo de Morais Barros e Carolina Zanotta de Morais Barros. Bacharelou-se em Direito em 1918.

Participou em 1917, juntamente com Júlio de Mesquita Filho, Joaquim Sampaio Vidal e outros, da fundação da Liga Nacionalista, da qual foi o secretário-geral até a sua extinção, em 1924, pelo governo de Artur Bernardes.

Fez parte, com Francisco Morato, Luís Barbosa da Gama Cerqueira e outros, da comissão organizadora do Partido Democrático (PD) de São Paulo. Prudente de Morais Neto foi eleito membro do primeiro diretório do PD em eleições realizadas em março de 1926. Em julho de 1927 foi um dos fundadores do Diário Nacional, órgão oficial do partido. No sexto congresso do PD, realizado em janeiro de 1930, foi reeleito membro do diretório do partido, assumindo o cargo de tesoureiro e ficando encarregado da comissão de subscrição popular responsável pela arrecadação de fundos.

Como membro do PD, apoiou a Revolução de 1930. Depois da vitória do movimento assinou o comunicado lançado pelo partido no dia 30 de outubro, colocando-o de acordo com Getúlio Vargas, chefe do Governo Provisório, na organização do secretariado paulista.

Prudente de Morais Neto foi escolhido diretor-secretário do Diário Nacional em novembro, mês em que Vargas designou o capitão João Alberto Lins de Barros para a interventoria em São Paulo. Iniciou-se então um conturbado período político-administrativo, marcado pelo agravamento do conflito entre as elites políticas paulistas e o governo federal.

A saída de João Alberto da interventoria, ocorrida nesse mesmo mês, não satisfez as lideranças políticas do estado, que continuaram a lutar pela escolha de um interventor civil e paulista e pela formação de um secretariado de governo que detivesse a sua confiança. O governo federal, entretanto, se negava a aceitar tal solução. A crise se acentuou com o lançamento de outro manifesto pelo PD em janeiro de 1932, rompendo com o governo federal.

O agravamento da crise conduziu à eclosão da Revolução Constitucionalista de São Paulo no dia 9 de julho de 1932. Prudente de Morais Neto apoiou o movimento, sendo um dos fundadores e dirigente da sociedade secreta denominada MMDC, que prestou serviços aos revolucionários, tanto na fase de conspiração quanto durante a luta, que se estendeu até o início de outubro de 1932. A sigla desta organização era formada pelas iniciais dos nomes de quatro estudantes mortos nesse ano em manifestações de rua pelo restabelecimento da autonomia paulista.

Com a derrota da Revolução Constitucionalista, Prudente foi preso e enviado para Lisboa a bordo do navio Siqueira Campos, junto com outros 76 civis e militares que tomaram parte no movimento.

Retornando ao Brasil em 1934, participou da criação do Partido Constitucionalista — fusão do PD, da Ação Nacional e a Federação dos Voluntários —, ocupando a secretaria geral da agremiação, liderada por Armando de Sales Oliveira, então interventor em São Paulo.

Prosseguiu sua colaboração com Armando Sales quando este, em 1935, foi eleito pela Assembléia paulista governador constitucional do estado, vindo a apoiar, a partir de 1936, sua candidatura à presidência da República. Com este objetivo participou da criação, em junho de 1937, da União Democrática Brasileira (UDB), fruto da junção do Partido Constitucionalista de São Paulo, do Partido Republicano Liberal do Rio Grande do Sul (PRL-RS) e do Partido Republicano Mineiro(PR-MG), além de agremiações da Bahia e do Pará.

Frustrada a campanha eleitoral e extinta a vida partidária pela implantação do Estado Novo em 10 de novembro de 1937, Prudente de Morais Neto passou a contribuir na campanha de resistência ao novo regime. Com a criação dos novos partidos em 1945, filiou-se à União Democrática Nacional (UDN), assumindo o cargo de diretor do departamento do partido na cidade de São Paulo.

Como empresário, Prudente de Morais Neto foi um dos fundadores da empresa de terras Conselheiro Prado Norte do Paraná S.A. Cooperou ainda com Bento de Abreu Sampaio Vidal na fundação da cidade de Marília (SP). Foi membro da Ordem dos Advogados do Brasil e do Instituto dos Advogados de São Paulo.

Faleceu em São Paulo no dia 29 de junho de 1961.