Pedro Paulo Penido nasceu em Belo Horizonte (MG) no dia 29 de julho de 1904, filho do professor Manuel Teixeira de Magalhães Penido e de Francisca Jardim Penido. Em 1924 diplomou-se em Odontologia pela Faculdade Livre de Odontologia e Farmácia. Após a formatura ingressou no Serviço de Saúde da Força Pública Estadual, onde veio a chefiar o Serviço de Odontologia, e foi vice-diretor do Hospital Militar. Entre 1940 e 1947 presidiu a Sociedade de Odontologia de Belo Horizonte e a Federação Odontológica Brasileira.

Em 1944 tornou-se professor da Faculdade de Odontologia e Farmácia da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG). Quatro anos mais tarde tornou-se professor catedrático de Odontopediatria. Entre 1952 e 1955 foi reitor da UFMG, tendo sido reconduzido ao cargo em 1958.

Em julho de 1960, no governo de Juscelino Kubitschek (1956-1961), foi nomeado ministro da Educação e Cultura em substituição a Clóvis Salgado (1956-1960), que deixou o cargo desincompatibilizando-se para concorrer no pleito de outubro desse ano a vice-governança do estado de Minas Gerais na legenda do Partido Republicano (PR). Em agosto seguinte foi nomeado ministro interino da Saúde, substituindo Mário Pinotti (1958-1960),

Em outubro de 1960 deixou o Ministério da Educação e Cultura depois que Clóvis Salgado, já eleito, retornou àquela pasta, onde permaneceria até o final do governo de Kubitschek. Em dezembro, com a nomeação em caráter interino de Armando Falcão para o Ministério da Saúde, afastou-se desse órgão e deixou o cargo de reitor. Assumiu em janeiro do ano seguinte o cargo de superintendente do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico (BNDE), que ocupou até março de 1961, já no governo de Jânio Quadros.

Casou-se com Marta Argenta Penido. Faleceu no Rio de Janeiro, então estado da Guanabara, em 12 de fevereiro de 1967.