José Antônio Flores da Cunha nasceu em Santana do Livramento (RS), em 1880.

Advogado, estudou nas Faculdades de Direito de São Paulo e Rio de Janeiro, diplomando-se em 1902. Após exercer por breve período o posto de delegado de polícia na capital federal, retornou ao seu estado natal para dedicar-se à advocacia. Em 1909, filiado ao Partido Republicano Rio-Grandense (PRR), iniciou sua carreira política como deputado estadual. Nos anos seguintes chegou à Câmara Federal e à prefeitura do município de Uruguaiana (RS). Em 1923, destacou-se como chefe militar legalista na luta que conflagrou o Rio Grande do Sul, opondo os partidários do governador Borges de Medeiros aos oposicionistas liderados por Joaquim Francisco de Assis Brasil.

Apoiou ativamente em 1930, já como senador, a candidatura presidencial do gaúcho Getúlio Vargas e destacou-se também nas conspirações que se seguiram à derrota eleitoral da Aliança Liberal e que culminaram na queda do presidente Washington Luís e na posse de Vargas na presidência. Com a vitória do movimento revolucionário, foi imediatamente nomeado interventor federal no Rio Grande do Sul. Nos sete anos em que permaneceu à frente do governo gaúcho, recuperou as finanças públicas estaduais e criou institutos de fomento econômico. Além disso, controlava a força militar estadual mais poderosa da federação, composta por seis mil homens da Brigada Militar, 20 mil da milícia civil - os chamados corpos provisórios -, além de contar com aliados no Exército. Dessa forma, Flores foi peça importante na cena política nacional após a Revolução de 1930. Nos primeiros anos, manteve-se sempre ao lado de Vargas, inclusive durante o movimento constitucionalista de 1932, que teve seu foco principal em São Paulo mas que contou também com o apoio de importantes líderes gaúchos.

Em 1935, já como governador constitucional, começou a afastar-se do presidente. Buscando ampliar sua influência política nacionalmente, envolveu-se em disputas sucessórias em outros estados, como Santa Catarina e Rio de Janeiro. Defensor do federalismo, atritou-se com os setores militares que, como o general Góis Monteiro, defendiam a centralização do poder no governo federal. Em 1937, rompido com Vargas, foi forçado a deixar o governo gaúcho. Exilou-se, então, no Uruguai e só voltou ao Brasil cinco anos depois, quando cumpriu pena de nove meses na Ilha Grande (RJ).

Em 1945, participou da fundação da UDN, legenda pela qual elegeu-se deputado constituinte em 1945. Exerceu, ainda, seguidos mandatos na Câmara Federal até janeiro de 1959.

Morreu no Rio Grande do Sul, em 1959.